El Parc Fluvial està gestionat per la  Diputació de Barcelona en aplicació del Conveni d’encomanda de gestió, signat pels ajuntaments de Santa Coloma de Gramenet, Sant Adrià de Besòs, Montcada i Reixac i Barcelona, així com el Consorci del Besòs i el Consorci Besòs-Tordera. Té dos òrgans de governança: la comissió de seguiment, de caire institucional, i la comissió tècnica. 

Segons explica Cinta Pérez, directora del Parc Fluvial del Besòs, “la Diputació incorpora l’espai en la gestió de la  Xarxa de Parcs Naturals de manera que, sense oblidar el bagatge de gestió de 25 anys i tota la feina feta, es vol donar un nou impuls com a  espai de la xarxa treballant els àmbits conservació, ús públic i educació ambiental i la governança, que és essencial en un espai d’aquestes característiques, de gestió col·laborativa”. 

La gerenta de la Gerència de Serveis d’Espais Naturals, Àngels Palacio, ha explicat que el conveni d’encomanda de gestió està vigent fins al febrer 2026, i que serà llavors quan el Ple de la Corporació prorrogarà el conveni. També és previst replicar el contracte de manteniment (que inclou la neteja, instal·lacions, jardineria i informadors) que acaba a finals de març del 2026, però a la vegada es treballarà per un contracte d'una durada més àmplia que incorpori les novetats que s’han anat executant, com ara el refugi de biodiversitat de Santa Coloma de Gramenet.  

A la comissió de seguiment hi han participat per part de la Diputació de Barcelona Xesco Gomar, diputat de l’Àrea d’Espais Naturals; Carlos Garcia Oquillas, coordinador de la mateixa àrea; Àngels Palacio, gerenta de la Gerència de Serveis d’Espais Naturals; Cinta Pérez, directora del Parc Fluvial del Besòs; i Albert Abaurrea, Cap del Servei d'Anàlisi i Gestió Territorial, Inversions i Obres (SAGTIO). 

Per part dels ajuntaments hi havia Filo Cañete, alcaldessa de Sant Adrià Besòs; Mireia González, alcaldessa de Santa Coloma de Gramenet; Dàmaris Sànchez, regidora de medi ambient de l’ajuntament de Montcada i Reixac; Antoni Suárez, primer tinent d’alcalde de l’ajuntament de Santa Coloma de Gramenet; Mireia Blanco, regidora de medi ambient de l’ajuntament de Santa Coloma de Gramenet i José Antonio Gras Iñigo, regidor de Sant Adrià. També s’ha comptat amb la presència del director general del Consorci del Besòs, Ferran Falcó, i de la Subdirectora general del mateix consorci, Núria Garcia Seguer, i del gerent del Consorci Besòs-Tordera, Albert Solà. 

La comissió tècnica també ha tingut com a participants Carlos Garcia Oquillas, Àngels Palacio, Cinta Pérez i Albert Abaurrea per part de la Diputació així com l’equip tècnic del Parc Fluvial del Besòs: Toni Navarrete (tècnic d’ús públic i educació ambiental), Saida González (enginyera de territori), Anna Riera (tècnica de manteniment, instal·lacions i serveis). També hi han participat Roger Bartra, tècnic de medi ambient de l’ajuntament de Montcada i Reixac; Amparo Benjumea, cap de servei de medi ambient de Santa Coloma de Gramenet; Dènia Bellver, tècnica de medi ambient de l’ajuntament de Sant Adrià, així com el gerent del Consorci Besòs Tordera, Albert Solà, la subdirectora general del Consorci del Besòs, Núria Farcia Seguer i la seva tècnica de medi ambient, Begoña Bellette.