El flux migratori d’ocells que es desplacen des de les seves zones de nidificació fins a les zones d’hivernada al setembre ja és màxim, de manera que és un dels moments de l’any en que es pot veure una major diversitat d’espècies. Respecte els ocells propis de medis aquàtics, cal destacar dos martinets rossos (Ardeola ralloides) alimentant-se en canals i basses del Refugi de Biodiversitat del Riu Besòs a Santa Coloma de Gramenet i un altre a la desembocadura.

A més, s’ha vist almenys una àguila pescadora (Pandion haliaetus) pescant al tram dels canyissars, així com dos ànecs cullerots (Spatula clypeata) i tres xarxets comuns (Anas crecca) a Montcada i Reixac. Respecte al grup dels limícoles, l’escassetat d’un hàbitat adequat i les molèsties humanes han provocat que gairebé no s’hagin vist espècies estrictament migratòries. Així, només s’ha vist un corriol gros (Charadrius hiaticula) a Santa Coloma i un territ variant (Calidris alpina) a la desembocadura. A més, ha estat una bona notícia la constatació de què els esplugabous (Ardea ibis), els martinets blancs (Egretta garzetta) i les gralles (Coloeus monedula) tornen a ajocar-se al mateix canyar de Sant Adrià de Besòs de la temporada no reproductora passada.

Pel que fa a espècies d’hàbitats no aquàtics, cal destacar l’observació d’una guatlla (Coturnix coturnix) a Santa Coloma i un colltort (Jynx torquilla) a Santa Coloma i un altre a Sant Adrià. També cal remarcar les desenes de passeriformes migratoris que s’han observat o anellat a les parcel·les de canyissars de depuració, destacant dos boscarles dels joncs (Acrocephalus schoenobaenus) i quatre cotxes blaves (Luscinia svecica).

Respecte les aus hivernants, ja han arribat diverses espècies, com ara els corbs marins grossos (Phalacrocorax carbo) i el mosquiter comú (Phylloscopus collybita).